본 지역원의 연구활동의 중심은 각 연구주제별로 구성되는 연구셀(Research Cell)로, 공동연구원, HK교수, HK연구교수 및 연구보조원을 비롯하여, 지역원의 연구위원과 객원연구원이 해당 연구셀에 소속하여 주어진 연구과제를 수행하게 된다.
각 연구셀의 연구주제는 본 지역원의 단계별 연구계획에 의해 수립된 연구과제이며, 효율적인 연구추진을 위하여 지역원 내의 각종 세미나 혹은 위크샵을 통해 항시 피드백을 받게 된다. 연구과제의 검증을 받아 인정된 각 연구셀의 연구는 동남아 현지네트워크를 통하여 현지조사를 수행하고, 그 이후 정리된 연구결과는 다시 한번 지역원 내의 각종 연구모임에서 발표 및 토론을 거쳐 최종적으로 국내외 학술대회에서 재검증 받아 대외적으로 공개하게 되는 과정을 거치게 된다.
HK지원사업의 3단계(2015년 9월-2019년 8월)에서는 연구주제인 ‘동남아 문명세계 규명 및 동남아시아학 방법론 수립’을 중점으로 아래의 두 개의 연구셀을 중심으로 연구활동이 전개될 것이다.
